側孢短芽孢桿菌是一種桿狀、產內生孢子的兼性厭氧細菌。在營養瓊脂培養基上的菌落不透明，表面光滑，芽孢為橢圓形，側生，孢囊膨大。

最初由White等于1912年發現，人們對該菌的研究迄今已有100多年的歷史。具有很好的抗菌殺蟲效果，也有很重要的醫用價值。

側孢短芽孢桿菌具有多種生物活性，抑菌譜寬，對細菌、真菌和部分蟲害都有很好的抑制效果，還能產生多種有應用潛力的代謝產物，如抗菌物質、殺蟲蛋白（氨基肽酶抑制劑）等，但卻是哺乳動物和鳥類的益生菌。
我國從蘋果根際分離出的一株側孢短芽孢桿菌對蘋果樹致病菌，如立枯絲核菌、尖孢鐮刀菌、煙草赤星病菌、蘋果炭疽病菌等均有抑制作用。
側孢芽孢桿菌抑菌物質對青枯病菌有強烈的抑制作用，對真菌及病菌具有拮抗作用，是一種有開發潛力的生防菌。

應用表明，多種側孢短芽孢桿菌對無脊椎動物如昆蟲、線蟲和軟體動物具有致病性，抑制其卵孵化和幼蟲發育，相同生物的量比蘇云金芽孢桿菌對黃粉幼蟲的毒性更高，還有一定的殺蚊、殺蠅、殺死梨形四膜蟲的作用。

國外有研究報道，從側孢短芽孢桿菌的發酵液中分離得到一種新型的抗菌素——芽孢菌胺，該抗菌物質具有良好的熱和酸堿穩定性，并具有廣泛的抑菌譜。
除了殺蟲效果，側孢短芽孢桿菌也具有一定的解磷、解鉀功能，可降解有機污染物。
在醫學上主要是治療腸胃紊亂及其代謝產物制備抗生素類藥物，是很有前景的菌株。

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